Rootkits zijn software programma's die door een partij worden geinstalleerd op een PC om op die manier toegang te verkrijgen tot lopende processen, systeemdata of persoonlijke bestanden.
Omdat een rootkit zich diep in het besturingssysteem van een PC nestelt zijn deze programma's vaak niet gemakkelijk te vinden en kan het hele computersysteem instabiel worden. GMER kan deze rootkits gratis opsporen en verwijderen.